憨山大師拜見清涼國師
憨山大師約三十多歲時…
第一次，大師夢見自己走人金剛窯，看見裏邊有兩扇大門，旁邊有座大般若寺。一跨進寺門，就好多處在無比廣大的虛空一樣，殿宇和樓閣的莊嚴，無法以言語形容。在正殿當中，安放了一張大床，清涼國師倚臥在床上，妙峰大師侍立在左方。大師一見國師，趕緊過去禮拜，然後侍立在右方。這時聽到清涼國師升示著切入法界圓融的觀境。隨著國師的開示，大師的眼前即現出了相同的境界，自覺身心交泰互入。國師講畢後，妙峰大師問：「這是什麼境界？」大師笑著說：「無境界的境界。」大師醒來後，自己覺得心境融徹，再也沒有罣礙了。
憨山大師神遊兜率陀天，拜見彌勒菩薩
金剛寶座前，梵文經咒放大光明
第二次，大師夢見自己升向天空，當升到無邊無際的高空時，又逐漸飄落下來，只見四周空空洞洞，沒有一點東西，大地在空的下面，圓圓地像一枚鏡子那樣平滑光亮，有如琉璃鏡的晶瑩。遠遠望去，在無窮的天空中，現出了一座廣大無比的樓閣，它鋪天蓋地，雄偉壯觀。在樓閣中又現出了世間的人事往來，就連最小的市井鄙惡之事，也都容含在那裏。在樓閣的中央，設一紫金焰色的寶座。大師心裏想：「這大概就是金剛寶座了。」大師對這座莊嚴妙麗、不可思議的樓閣非常歡喜，想走近它，可是轉眼又想：「為什麼這在清涼的世界中，有這些雜穢的樓閣呢？」這念頭只一起，樓閣即刻去遠了。大師心中又想：「一切淨穢的境界，都是由我心而生的。」思惟著心生萬法的道理，樓閣又近了。片刻之間看見金剛座前，侍立著許多身材高大、相貌瑞嚴的僧眾。這時忽見一位比丘從金剛座後面出來，手捧一卷經書，徑直走到大師面前，對大師說：「和尚叫我把這卷經書授予你。」大師接過一看，全是黃金色的印度梵文，一字也不識。大師將經書收起後，即問那比丘：「那個和尚是誰？」比丘回答說：「是彌勒菩薩。」大師一聽非常高興，立刻跟隨比丘到了陛下，瞑目斂念而立。過了片刻，忽然聽到磐的鳴擊聲，大師睜眼一看，彌勒菩薩已經登座。大師即在菩薩前恭敬地瞻仰頂禮，只見菩薩的面容，晃耀著紫磨金色的光彩，世間上再也沒有比菩薩更壯麗了！大師頂禮後心想：「今天菩薩特為我升座說法，那我就是當機了。」於是大師長跪合掌，拿出經卷翻開。這時彌勘菩薩開示說：「分別是識，無分別是智。依識染，依智淨。染有生死，淨無諸佛。」大師聽到這裏，身心忽然頓空，只覺得聲音從空中歷歷傳來。
此時，大師的功夫日趨成勤。雖然到處弘法，卻不須塵拂和錫杖隨身，他的面色玉一般的光晰，身體非常強壯，即使在酷暑中行走，也無半點汗水。晨夕盥沐時，盆中之水依舊清澈無濁。大師坐的時候，總是雙跏趺，而且不須用手幫助。無論開眼合眼，二六時中，常在定中。不論是日間或夜裏，在行住坐臥中，一聞他人啟請法語，眼光如電，眼眶裏沒有絲毫的殘留，也不須用手去拭。大師上堂說法時，辯才無礙，一啟口就是數千百字，從來不吃一字，而且聲如洪鐘，震動堂外。大師提筆寫開示法語時，不起於坐，敘述數千百字，筆無停留。平時，大師左手時刻轉著數珠，右手握一柄白竹骨的折疊扇，無論冬夏常在手中，但不是為了扇涼，而是當遇著人天三界大指麾時，當案一擊，靡不呼應。
大師的道力神通的顯現是無數的。在宗鏡堂時，一天大師正升堂說法，見兩僧挾持一僧走上臺階，而那被挾的僧人顛狂不止。這兩僧乞求大師說：「這位師兄持大悲咒五年，平時行為也端正，不知何故會著魔成這個樣子，請大師替他治吧！」大師說：「這病可醫！」就命侍者在堂裏尋到三位持穢跡金剛神咒的僧人。大師先在座位上自持神咒，又叫那三位僧人把神咒傳給顛狂僧。開始時，那人不省人事，大師以扇在案上震威一擊，再提授一句，顛狂僧即能隨持，這樣逐句傳完後，顛狂僧如夢初醒，從此就再也無病了。大師叫他到香積寮去。
又一日，有一僧來頂禮，還未禮畢時，大師即擊扇喝值：「殺人賊，見我作什麼？！」知客僧聽見急忙趕來，那禮拜僧不說一句話就去了。大眾都驚愕不解地看著。第二天這僧被官府所捕，大眾這才明白大師的神通妙用。
淨慈宗鏡堂示持準提咒
為弟子譚捐征等說：
在家弟子，五欲濃厚，煩惱根深，日逐現行，交錯於前。如佛湯滾滾，安能一念清涼？縱發心修行，難下手做工夫。有聰明看教，不過學些知見，資談柄，絕無實用。念佛又把做尋常看，不肯下死心。縱肯，亦不得力，以但在浮想上念，其實藏識中習氣潛流，全不看見，故念佛從來不見一念下落。若念佛得力，豈可別求玄妙耶？今有一等好高慕異的，聞參禪頓悟，就以上根自負，不要修行，恐落漸次。在古德機緣上，記幾則合頭語，稱口亂談，只圖快便為機鋒，此等最可憐愍者。看來，若是真實發心怕生死的，不若持咒入門，以先用一片懇切心，故易得力耳！
孝心感動天，禪定神通會親娘
萬曆十七年（一五八九），大師四十四歲。這年大師開始閱藏經，並為僧眾講解《法華經》和《大乘起信論》。大師自從離五臺山後，常有拜見父母之心，但恐落世俗知見，所以一直沒去。
不久前大師擬為報恩寺請一部大藏經，在十月份到了京都，太后即命人贈給一部。大師奉經到了龍江，這時報恩寺的寶塔連日放光呈瑞。大師到了金陵報恩寺，在迎經的那一天，寶塔的光明好像一座橋一樣，呈半圓形向北伸延，迎接藏經的僧人都從光明中走過。直至安置藏經，建立道場，光明仍連日不絕。這罕見的奇妙光明，吸引了千千萬萬的人們來瞻仰觀禮，面對如此瑞詳之相，無不歎為稀有。
大師送經到報恩寺的消息，不脛而走，一直傳到他老母親的耳朵裏。老母親欣喜異常，先派人去問候大師何日到家，大師說：「我這次是為朝廷之事而來，不是為了家庭來的。如果老母親在相見時，如同過去未離時一樣歡喜，那我最多可回家過二夜，否則我就不回去了！」老母親見大師這樣說，就派人再去說：「現在能再相見，已歡喜的不得了，那裏還會悲傷？見一面就可以了，又何況是二夜呢？」
大師在靜坐中以神通力回到家裏，老母親一見兒子，因過於激動，竟高興得昏倒在地。晚上，大家聚在房間裏敘談，一位族中的長者問：「你乘船來還是乘車來？」老母親說：「何必問乘船來乘車來！」長者又問：「哪從何處來呢？」老母親說：「從空中來！」大師聽了驚訝地想：「怪不得老母親當年能捨我出家啊！」於是問老母親：「我出家後，你想念我嗎？」老母親說：「哪能不想念呢！」大師又問：「你怎麼排遣這想念之情呢？」老母親說：「我起初不知如何是好，後來知你在五臺山，就去問師傅五臺山在什麼地方，師傅說『在北斗之下，即你令郎盾住之處』。我從此後，每夜朝北斗星的方向禮拜，稱念菩薩的名號，漸漸地就不再想念了。假如說你死了，就不再拜了，也不再想念了，今天見到你，是神通變化而來呀！」
第二天，大師隨二親去祭祖墓，又去蔔擇二親的葬穴，這時老父親已八十歲了，大師開玩笑說：「今日活埋老子，省得他日再來！」並把鏟斫在地上，老母親見了一把奪過鏟說：「老婆婆自埋，又何必煩別人來！」連斫了數十下。第三天，大師向二親告別，老母親歡喜如故，未嘗蹩眉，大師知道老母親並非尋常之人。
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